Respecto de la vinculación del Mapudungun con otras lenguas, existen diversas teorías.
Según la clasificación estándar, la lengua mapuche pertenecería a la subfamilia araucana del grupo andino, correspondiente al tronco andino-acuatorial.
Para autores como Tovar (1961), el mapudungun forma parte del tipo II del grupo andino, pero estaría junto a lenguas como el quechua, aymara, aonikenk (tewelche), sel'knam (ona), y el yagan (yagan).
Louisa Stark (1970) lo vincula con la lengua maya.
Payne en 1984, plantea un parentesco entre el Mapudungun y las lenguas de la familia arawak, del grupo ecuatorial, correspondiente al tronco andino-ecuatorial.